Slovenské Pomoravie, ktoré sa geomorfologicky delí na Záhorskú nížinu a Dolnomoravský úval, malo už v najstaršom vývoji ľudskej spoločnosti významné postavenie.

Predovšetkým rieka Morava bola v praveku dôležitou tepnou hospodárskeho života nielen na tomto území, ale aj v širokej oblasti. Pozdĺž nej, ako pozdĺž potokov riek vôbec, prechádzali a prichádzali v praveku rôzne kultúrne skupiny. Územie popri Morave sa tak stalo dôležitou komunikačnou osou, sprostredkujúcou spojenie medzi severnou a južnou Európou. Táto diaľková cesta, známa ako Jantárová cesta, tvorila kultúrny most medzi Jadranom a Pobaltím, a najmä od doby bronzovej pri široko rozvetvenom pravekom obchode mala v strednej Európe veľký význam.

Na území Slovenska viedla Jantárová cesta po nezaplavenom brehu Moravy. Rieka Morava, aj priaznivé geomorfologické podmienky a dostatok úrodnej pôdy boli dôležité pri osídlení tohto územia v praveku. Prví obyvatelia si budovali osady na dunových vyvýšeninách pri koryte a ramenách rieky Moravy, pri jej vhodných brodoch, alebo aj v dolinách malokarpatských potokov.

Od 13. storočia

Historické obdobie Skalice sa začína na začiatku 13. storočia. Prvá spoľahlivá písomná zmienka o Skalici je až z roku 1217. Je to listina uhorského kráľa Ondreja II., ktorý daroval skalické územie dvom synom nitrianskeho župana Tomáša. Po smrti grófa Tomáša jeho synovia Sebus a Alexander začali toto územie zaľudňovať početným obyvateľstvom. Koncom 13. storočia, počas vojen, ktoré sa rozpútali po smrti kráľa Belu IV. (1270) bolo územie znovu spustošené. Niekedy v tomto období bola vybudovaná najstaršia stavba v meste – rotunda sv. Juraja.

Ľudovít I. dal povýšil skalickú osadu na slobodné kráľovské mesto 6. októbra 1372 v Trnave a dal ju opevniť murovanými hradbami. Zvyšky tohto obranného múru stoja miestami dodnes. Po smrti Ľudovíta I., územie skalice roku 1385 Žigmund založil moravským markgrófom Joštovi a Prokopovi. Žigmund by naďalej podporoval Skalicu aj naďalej a po vyplatení záložného kraja, mal neustále problémy s peniazmi a tak ju dal opäť založiť. Ako odmenu ju dostal Štibor zo Štiboríc, ktorý bol známy ako Ctibor z Beckova. Pred svojou smrťou (1414) založil v meste starobinec.

V období husitských vojen význam Skalice vzrástol najmä zo strategického hľadiska. Husitskí kňazi vybudovali pri Strážnici na ostrove rieky Moravy opevnený tábor, z ktorého robili výpady po okolí, kým ho roku 1421 nezlikvidovalo Žigmundovo vojsko, ktoré často tiahlo cez Skalicu, kde sa často i Žigmund zastavil. V roku 1432 sa husitské posádky zmocnili Skalice, po ich odchode sa Skalica opäť stala vyľudnená.

V roku 1446 sa stal uhorským regentom Ján Huňady. Začalo sa krátke obdobie, trvajúce pár desaťročí, v ktorom sa prejavila veľká budovateľská činnosť. V meste bola posádka kráľovského mesta, ktorá neprekážala budovaniu Skalice. V tomto období sa dokončievala stavba farského chrámu a bodoval sa nový františkánsky kláštor a kostol.

Od roku 1470 po rok 1660

V tomto období sa odohralo veľa významných udalostí, z ktorých mnohé mali pre mesto negatívne dopady. V meste bolo v tomto období asi 600 domov. Ako to kedysi bývalo, domy boli drevené a mali slamené strechy. Preto sa často vyskytovali požiare, ktoré ničili mesto a jeho budovy.

Boli časté malé požiare. Z veľkých zdokumentovaných požiarov urobili najväčšiu škodu požiare v rokoch: 1559 – za rok boli v meste 4 požiare, ktoré úplne zničili mesto, 1583 – zhorelo 26 domov na Predmestí (práve tu najčastejšie vznikali požiare), 1592 – zhorel Farský kostol a 161 domov, 1601 – zhorelo 176 domov, 1615 – zhorelo 62 domov, 10. septembra 1620 – zhorel Farský kostol a 154 domov, 1629 – zhorel farský úrad aj s archívom, 1631 – zhorela radnica, 110 domov a Rotunda, 10. mája 1639 – zhorel Farský kostol a 296 domov – teda skoro celé mesto. Morové epidémie boli v rokoch 1535 a 1581. Od augusta 1645 do januára 1646 v Skalici opätovne vyčíňal mor.

V tomto období nastal výrazný rozvoj obchodu remesiel. Jedným z najvýznamnejších remesiel bolo vinohradníctvo. To malo v Skalici tradíciu pravdepodobne od začiatku 15. storočia, ale s veľkým vysádzaním a pestovaním viniča sa začalo v 15. – 16. storočí. V tejto dobe malo mesto svoj vlastný výčap na radnici, kde sa predávalo mestské víno. Vínom sa občas platilo aj zamestnancom mesta. O význame a úcte k vinohradníctvu svedčí aj to, že za krádež hrozna bol trest smrti, ktorý bol v roku 1616 pozmenený na pokutu 25 zlatých a v roku 1629 na pokutu 100 zlatých. Vinohradníci boli združení v Bratstve sv. Urbana, ktoré bolo založené na spôsob remeselníckeho cechu.

V Skalici bola taktiež významná výroba súkna – vyrábalo sa tu jedno z najkvalitnejších súkien v Uhorsku, ktoré bolo vyhľadávané najmä vyššími vrstvami obyvateľstva. V 17. storočí bolo v Skalici zaregistrovaných veľa cechov. Z tých najbohatších a najvýznamnejších uvádzam cechy murárov a kamenárov, súkenníkov, vinárov, čižmárov, kováčov, mäsiarov, mydlárov, kožušníkov, krajčírov, gombičkárov, remenárov, debnárov a ševcov (obuvníkov). Najbohatším cechom bol mäsiarsky cech.

Aj v tomto období pokračoval výrazný rozvoj obchodu. Neďaleko mesta prechádzala Česká cesta, ktorej význam za vlády Vladislava II. (1490 – 1516) narástol až do takých rozmerov, že v roku 1498 chcelo vedenie mesta vybudovať veľký sklad pre obchodníkov, ktorí prechádzali týmto smerom. Na toto však potrebovali povolenie od kráľa, ktorý však nevedel zaujať jednoznačné stanovisko. A tak sa nakoniec myšlienka skladu v Skalici nezrealizovala a sklad bol vybudovaný v Trnave.

V roku 1645 Skalica uzavrela obchodnú zmluvu s banskými mestami o ochrane svojho súkenníctva. Zo zmluvy vyplývalo, že zahraniční obchodníci nesmeli predávať súkno a plátno v malom, ale len vo veľkom a svoj tovar mohli skladovať len na miestach, ktoré im určil senát. Týmto sa podporil predaj a vývoz skalického (resp. uhorského) súkna a zamedzilo sa konkurenčnému predaju. 3. septembra 1645 Skalicu navštívil kráľ Ferdinand III. a v roku 1646 daroval pre Farský kostol nový organ ako odmenu za veľkú pohostinnosť pri jeho minuloročnej návšteve Skalice.

V roku 1659 do Skalice prišla rehoľa jezuitov, ktorá mala v neskoršom období pre mesto veľký prínos. Najprv boli jej mnísi ubytovaní na radnici, neskôr si kúpili dva domy na Námestí a od mesta získali v roku 1671 do prenájmu kostol na Potočnej ulici (zhabaný evanjelikom). Tento využívali až do roku 1697, kedy už boli práce na ich novom komplexe na námestí v plnom prúde. V roku 1660 začali s výstavbou svojho kolégia (gymnázia), kde vyučovali. V roku 1619 pražský organár Tobiáš Hanzel postavil vo Farskom kostole nový organ, ktorý však pri spomínanom požiari v roku 1620 zhorel.

V roku 1434 Skalicu získala do zálohy rodina Zápoľských, ktorá ju vlastnila až do roku 1526. Už v roku 1527 bol kráľ Ferdinand I. nútený založiť Skalicu strážnickým pánom zo Žerotína. Po nezhodách s vedením mesta, krádežiach dobytka, zatváraní ľudí a podobných problémoch podalo mesto v roku 1568 sťažnosť na kráľovský fiškálny súd, ktorý 17. novembra 1568 rozhodol o odobraní Skalice rodine Žerotínskych. Títo museli nadôvažok zaplatiť všetky spôsobené škody a samozrejme im ani neboli vrátené peniaze, za ktoré vlastne toto územie získali. Od tejto doby už nebola Skalica zakladaná.

Počas tureckých vojen sa predsunuté turecké vojenské oddiely dostali až na Moravu, kde v roku 1529 vyplienili mesto Strážnice. Je teda dosť možné, že oddiely prešli aj okolo Skalice, ale jej hradby ich odradili od pokusov o lúpenie.

V tomto období sa používalo útrpné právo. Skalica mala svojho úradného kata, ktorý v meste vykonával tresty a mesto ho požičiavalo aj ďalším zemepánom. V Skalici taktiež stála aj šibenica, o ktorej sa tradovalo, že je „Enem pro nás a pro naše deti“. Teda použiť ju (odvisnúť) mohli len odsúdení v meste Skalica a Skaličania a nie odsúdení v iných mestách.

Skalica mala často ťažkosti so svojimi susedmi. Najčastejšie to boli spory so Strážnicou (hlavne v roku 1575) a 20 ročný spor o hranice chotára s holíčskym panstvom.

Toto obdobie bolo však aj obdobím, kedy sa veľa stavalo. Bolo to potrebné, pretože mesto bolo po požiaroch veľmi zdecimované. V rokoch 1645 – 1650 bol postavený Evanjelický kostol na Potočnej ulici. Evanjelicko-katolícke spory však vyústili až to takých rozmerov, že bol evanjelikom kostol odobraný a mesto v ňom potom ubytovalo nové rehole, ktoré prišli do mesta. V roku 1535 dostala Skalica od kráľa Ferdinanda I. povolenie organizovať ďalšie 2 výročné trhy a od kráľa Rudolfa II. v roku 1603 povolenie na ďalšie 3 výročné trhy. V roku 1569 bola založená obec Mokrý Háj ako poddanská obec Skalice. To len svedčí o tom, že Skalica mala veľký vplyv aj na svoje okolie.

Skalica kvôli svojej strategickej polohe bývala často obsadzovaná rôznymi vojskami. V apríli 1605 okolo mesta prechádzalo povstalecké vojsko Štefana Bočkaja. Mesto z obavy pred plienením polí a drancovaním okolia vpustilo vojakov do mesta. Títo potom odtiaľto podnikali lúpežné výpravy na Moravu. Moravania sa však za plienenie kruto pomstili. Keď povstalci odišli z mesta, moravské vojsko prišlo 29. júna 1605 a urobilo najčernejší deň v histórii mesta. Mesto bolo dobyté a vydrancované spomínaným vojskom. Jeho vojaci z mesta ukradli takmer všetko, čo sa dalo odniesť. Obyvatelia sa rozutekali po okolí a mesto zostalo pár dní úplne prázdne. Nadôvažok ešte vypukol požiar, pri ktorom zhorela polovica mesta.

V roku 1650 bolo mesto obsadené prechádzajúcim švédskym vojskom, ktoré sa vracalo domov z Tridsaťročnej vojny.

Dňa 13. mája 1462 kráľ Matej Korvín potvrdil Skalici darovanie rybníka a dovolil obyvateľom si vedľa neho vybudovať ďalší, čo im 6. apríla 1464 znova potvrdil a 21. mája im potvrdil i mestské výsady. Po roku 1526 sa v meste začali usadzovať zemania, ktorí mali veľké problémy s mešťanmi. Osobitnú skupinu medzi obyvateľstvom tvorili Židia, ktorí do mesta prichádzali a obchodovali tu.

Významnou súčasťou koloritu mesta je tradičné vinohradníctvo, ktoré tu zapustilo korene pravdepodobne v druhej polovici 15. storočia. Na vinárskych mapách nielen Slovenska si Skalica najmä prostredníctvom frankovky vyhradila významné miesto

V roku 1535 nastal v Skalici mor. Františkánske záznamy hovoria, že v kláštore na mor zomreli, okrem jedného farára všetci rehoľníci a kláštor bol prázdny po 30 rokov. V meste boli aj 4 veľké požiare a v roku 1559 vyhorela takmer celá Skalica.

Od roku 1568 sa začala nová doba v dejinách mesta, ktoré už potom ostalo natrvalo slobodným kráľovským mestom.

Pre Skalicu obdobie baroka, osvietenstva a konca feudalizmu (1711 – 1848) bolo obdobím rastu a prosperity, keď sa v meste začala opäť veľká výstavba. Začiatkom 18. storočia postavili pod vinohradmi kaplnku sv. Františka Xaverského, radnicu, kostol a kláštor jezuitov so školami, kláštory a kostoly karmelitánov a pavlínov a prestavali aj kláštor františkánov. Skalica vzrástla aj na počte obyvateľov, keď sa počet obyvateľov takmer zdvojnásobil.

Od 1660 po rok 1918

V roku 1660 sa v Skalici usadili jezuiti, ktorí tu koncom 17. storočia zriadili aj kláštornú lekáreň a v roku 1662 založili gymnázium. V roku 1710 v meste opäť vyčíňal mor a v roku 1728 bol v meste veľký požiar. O rok neskôr 5. novembra 1729 zhorel františkánsky kostol, fara, kostol, kláštor… Menší požiar bol v roku 1739, keď v meste vypukol mor. Vo veľkom požiari 21. januára 1739 okrem 29 domov pod obranným múrom zhorelo celé mesto, vyhoreli aj školy, fara, pivovar, kostol pavlínov a kasáreň.

Búrlivé roky 1848 a 1849 rozvírili hladinu verejného života aj v Skalici. V tomto období rybníky už nejestvovali a ani pivovar už mesto nemalo. V roku 1867 postavilo mesto nový kamenný most (Zelený) pri Hornej bráne. na rekreačné ciele postavili budovy v blízkom Hájiku a pri ceste k nemu vysadili stromoradie líp.

Na začiatku 20. storočia sa prestaval mestský hostinec na mestský hotel. V roku 1908 sa v meste postavil chudobinec. Od roku 1889 bola v Skalici aj železničná stanica. Okrem mestským úradov od roku 1871 býval v Skalici kráľovský okresný súd.

Od prevratu 1918 po rok 1989

Skalica sa zapísala do celonárodných dejín v druhej polovici 19. storočia a začiatkom 20. storočia, keď sa stala pôdou pre organizovanie národno-oslobodzovacieho boja proti maďarizácií a spolu s Ružomberkom a Martinom sa stala intelektuálnym centrom tohto snaženia, ktoré sa v pamätnom roku 1918 skončilo rozpadnutím rakúsko-uhorského systému a vytvorením ČSR. V tomto roku tu mala na krátky čas sídlo Dočasná vláda pre Slovensko.

Onedlho bol vytvorený skalický okres, ktorý zahŕňal 25 obcí.

Po skončení 2. svetovej vojny, v rodiacej sa novej spoločensko-politickej situácií, sa Skalica snažila využiť postavenie okresného mesta pre rozvoj priemyslu a infraštruktúry. Bolo založených či zmodernizovaných niekoľko závodov, postavené školské a predškolské zariadenia, sídliska, športoviská. Napriek ráznemu trendu dôslednej urbanizácie sa až na niekoľko zásahov mestu podarilo zachovať vzhľad historického jadra a uchovať pre budúcnosť vzácne množstvo historických pamiatok.

V roku 1960 sa okres Skalica stal súčasťou okresu Senica.

Po roku 1989

Po roku 1989 sa i Skalica začala rozvíjať v duchu nového spoločensko-politického zriadenia. Postupne tu bolo vytvorených niekoľko stoviek súkromných podnikateľských aktivít, založené nové inštitúcie a úrady. Po oddelení samosprávnych orgánov od štátnych sa vytvoril nový orgán – mestský úrad. V roku 1991 sa Skalica stala sídlom obvodu a od roku 1996 okresu Skalica pre 21 miest a obcí severozápadného cípu Slovenska. Od roku 2004 sa okresy ako územné celky pre účely štátnej správy zrušili a okresy tak plnia iba formálnu funkciu na odlíšenie regiónov. V roku 1993 bol zriadený hraničný priechod s Českom, ktorý v súčasnosti plní len formálnu funkciu, keďže prechod štátnej hranice v rámci schengenského priestoru je za normálnych okolností umožnený kdekoľvek.